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一、使用場景不同：
超聲波破碎儀使用超高壓能量來破碎細胞。與超聲波清洗機相比，超聲波細胞破碎儀的優點是：保持細胞活力，節省時間和減少樣品損失，并且可以處理大量樣品。因此，超聲波細胞破碎儀的不斷發展和改進，為規模化生產做出了相當大的貢獻。
在工業應用中，利用超聲波進行清洗、殺菌、霧化是一項非常成熟和廣泛應用的技術。質點的加速度通常被計算為重力加速度的 2000 倍以上。在40℃-50℃的水溫下采用超聲波強化萃取，不會高溫煮沸，不會破壞中藥材中一些熱不穩定、易水解或氧化的藥用成分。
二、工作原理不同：
超聲波破碎儀的工作原理是基于超聲波在液體中的空化效應。換能器將變幅桿的電能在刀頭頂部的液體中產生高強度的剪切力，形成高頻交變水壓，使腔體膨脹爆炸，粉碎細胞。另一方面，由于超聲波在液體中的劇烈擾動，粒子產生很大的加速度，使它們相互碰撞或撞到設備的壁上而破碎。
超聲波清洗機的工作原理是利用超聲波發生器的橫頻信號，通過換能器將其轉換成橫頻機械振動，傳遞給介質清洗液。強烈的超聲波在清洗液中以密集相間的形式向被清洗物輻射，發生“空化”現象，即在清洗液中形成“氣泡”。它迅速膨脹，然后突然關閉，產生1012-1013pa的壓力和局部溫度調節，使物體表面、孔洞和縫隙中的污垢分散、破碎、剝落，從而使物體得到凈化和清潔。
雖然超聲波破碎機和超聲波清洗機都是使用超聲波，但主要區別在于超聲波細胞破碎機將所有能量集中在探頭上，而超聲波清洗機的能量均勻分布在清洗槽的底部。因此，超聲波清洗機更傾向于脫氣和清洗，而超聲波設備更傾向于細胞破碎、乳化和均質。
